Čekan: Učíme sa, ako zabojovať v najťažšej fáze, ktorá ešte len príde

Plošné testovanie v menej zavírených okresoch jednoducho nefunguje, tvrdí vedec a CEO spoločnosti MultiplexDX Pavol Čekan.

Koronakríza predstavuje veľkú výzvu aj pre vedecký svet. S Pavlom Čekanom sa TREND rozprával o tvorbe PCR testov a ich schopnosti úspešne detegovať vírus či jeho prípadné ďalšie mutácie. V rozhovore sme sa vrátili k hodnoteniu antigénových testov a odporúčaniam, čo by malo Slovensko na boj s koronavírusom spraviť. Neobišli sme ani možnú tretiu vlnu a superinfekciu v spojitosti s chrípkou.

Kedy ste prvýkrát zaregistrovali, že je tu nový koronavírus?

V januári, keď sa objavili prvé vážnejšie prípady a bolo jasné, že ide o šírenie infekcie z Wu-chanu v Číne. Keď sa infekcia zaniesla do USA a ďalších krajín, vedeli sme, že to môže byť veľké.

Zaujal vás hneď v tom čase?

Priznám sa, že keďže sme sa zaoberali onkologickými diagnostikami, nevenovali sme vírusu veľkú pozornosť. Vôbec sme nepredpokladali, že by sme mohli vyvíjať PCR test, to prišlo až v marci.

Kedy ste začali skúmať genóm vírusu?

Asi v prvej polovici marca už bolo známych asi 300 až 400 sekvencií vírusu SARS-CoV-2. Vtedy sme začali spolupracovať s bioinformatičkou Vierou Kováčovou, ktorá mala bohaté skúsenosti s čítaním takýchto genomických informácií, napríklad chrípky. Koronavírus je chrípke podobný. Aj vďaka jej práci sme začali pozerať na dizajn PCR testov, pretože tie musia vychádzať z RNA sekvencií.

Tvorba PCR testov

Ako dlho trvalo, kým ste zostavili prvý test?

V marci sme nemali ambíciu poskladať kompletný PCR test. Ponúkali sme len kľúčové komponenty, ktoré sú zodpovedné za špecificitu a citlivosť testov. No zistili sme, že na Slovensku aj vo svete chýbajú PCR testy.

V priebehu jedného týždňa sme sa stretli s mnohými slovenskými vedcami a firmami a povedali si – poďme na to. Poďme spoločnými silami vyvinúť prvý a dokonca IVD certifikovaný test pre Slovensko. IVD certifikát je značka vysokej kvality a takýto test je vhodný pre akreditované diagnostické laboratóriá.

Prečo práve nový slovenský dizajn? Nestačilo len niečo prebrať zo zahraničia?

Ak vieme PCR testy vyrobiť na Slovensku, nie sme závislí od importu týchto testov – to bol prvý dôvod. Zároveň sme sa pozreli na Charité protokol, ktorý vychádza z vedeckého článku profesora Drostena z Nemecka, známeho európskeho virológa. Tento protokol neskôr prevzalo WHO. V ňom, hlavne v dizajne testu, sme našli zásadné chyby. Jeho chyby spôsobilo to, že bol dizajnovaný ako jeden z prvých ešte v januári, kde sekvencia koronavírusu nebola známa. To znamená, že sme videli priestor na zásadné vylepšenie testu.

Aké to bolo s financovaním vašich testov?

Pri prvom dare 100-tisíc testov pomohla Nadácia Eset. V podstate prefinancovala vývoj a výrobu testov. Zároveň sme získali grant z Agentúry pre vedu a výskum z takzvanej Covid-19 výzvy, ktorý čiastočne prefinancováva práve diferenciálny test na Covid-19 a chrípku. Takže to sa dá brať ako pomoc štátu.

Váš dar 100-tisíc testov nebol asi jediný.

Štátu sme darovali ďalších 100-tisíc testov, neskôr sme darovali kontinuálne počas šiestich mesiacov desaťtisíce testov Biomedicínskemu centru SAV, aby mohli rutinne testovať v Bratislave. Neskôr sme boli súčasťou humanitárnej pomoci v Keni s 50-tisíc PCR testami. Ďalšie testy šli aj na Ukrajinu.

Je medzi vami a štátom nejaký obchodný vzťah?

Štátnym laboratóriám sme doposiaľ nepredali nič, čiže nemôžeme povedať, že by tu bol obchodný vzťah. To však vôbec neprekáža, lebo vieme prežiť aj bez toho. Priznám sa, že Slovensko nie je náš primárny ekonomický záujem.

Nedávno ste povedali ste, že PCR test je stopercentne špecifický, pričom pán profesor P. Jarčuška mi hovoril, že ani PCR test nie je stopercentne spoľahlivý. Ako to je?

Stopercentne špecifický je. Keď sme to porovnali s inými vírusmi, bol špecifický iba na SARS-CoV-2. Takže o tom niet pochýb. Už sme spravili tri validácie, máme tri certifikáty a myslím si, že spochybňovať špecificitu nie je namieste.

Čo sa týka spoľahlivosti, je to úplne iná vec. Tu sa rozprávame o tom, či v PCR testoch dokážeme zachytiť človeka, ktorý je pozitívny, ktorý má v tele vírus. V tomto prípade neexistuje na svete žiaden stopercentne spoľahlivý test, a to z niekoľkých dôvodov.

Akých?

Jedným z dôvodov je, že infekcia je v tele dynamická. Ani PCR test nedokáže zachytiť človeka, ktorý má v sebe vírus v prvých dňoch. Môže nastať aj chyba pri výtere alebo môže dôjsť aj k chybám pri RNA izolácii, ktorá sa robí v diagnostickom laboratóriu.

Čo má možno na mysli profesor Jarčuška je, že metóda PCR je veľmi citlivá. To znamená, že existuje niekoľko ľudí, ktorí sú aj po karanténe stále PCR pozitívni. Vieme však, že už nie sú infekční. Je dokázané, že človek po 10 až 12 karanténnych dňoch už nemôže byť infekčný. To znamená, že PCR pozitivita je irelevantná.

Takže PCR testy nie sú stopercentné?

To nie je problém PCR metódy, ale klinickej interpretácie. Ak je pacient aj po karanténe PCR pozitívny, môžeme spraviť protilátkový test. Ak vyjde pozitívne, znamená to, že má v tele protilátky.

To je celá podstata. Všetky testy majú svoje výhody aj nevýhody, riziká a limity. Podstata v boji proti vírusu je diverzifikovať testy a využiť ich výhody v správnom čase na správnom mieste.

Mutácia koronavírusu

Minulý týždeň sa objavili správy, že v Dánsku utratia 17 miliónov noriek. Dôvodom malo byť, že vírus zmutoval z človeka na norku a späť na človeka. To znamená, že vírus sa môže zmeniť a PCR testy prestanú fungovať? 

Záleží na tom, ako PCR test dizajnujete. To znamená, že v súčasnosti je už známych viac ako 150-tisíc jeho sekvencií. Je veľmi dôležité, na ktorú časť virálnej RNA váš PCR test cieli. Preto môžete priebežne kontrolovať, či ste v správnom regióne a či náhodou nie ste v regióne, kde prebehla nejaká mutácia, ktorá by mohla citlivosť toho testu znížiť.

Takže to priebežne sledujete?

Áno, a navyše sme to elegantným spôsobom obišli. Náš nový test je vyvinutý tak, aby bol citlivý aj vtedy, ak sa vyskytnú nejaké mutácie. Neviem o inom teste na svete, ktorý by bol takto vyvinutý. Naše PCR testy nie sú úplne obyčajné testy.

Takže mutácia vírusu nie je problém?

Keď vírus zmutuje, je to problém. Väčšinou je mutácia v S-géne, respektíve je to S-proteín. Keď si predstavíme koronavírus, je to ten výbežok, ktorý sa používa na to, aby sa nadviazal na ľudskú bunku. Najčastejšie sú mutácie práve v S-géne a Dáni sa pravdepodobne obávali, že tá mutácia by mohla znížiť efektivitu vakcín.

Videli, že vírus preskočil z človeka na norky, ale zároveň aj z norky na človeka, preto chceli utratiť všetky zvieratá, nakoniec tak nespravili. Moja špekulácia je, že sa tak nerozhodli z dôvodu, že ak sú vakcíny, ktoré sú nadizajnované aj na trošku inú časť toho koronavírusu, mohli to týmto mohli obísť. Alebo prišli na to, že vakcína bude účinnejšia aj pri tejto konkrétnej mutácii.

Antigénové testovanie

Poďme od PCR k antigénovým testom, ktoré nie sú také spoľahlivé. Máte pocit, že ich špecificita bola možno ešte vyššia ako tá označená v manuáloch?

Pri kórejskom teste, ktorý sa použil na celoplošné testovanie, sa k tomu dá vyjadriť veľmi ťažko. Neurobili sme žiadnu validáciu. Bolo veľmi veľa okresov, ktoré sa podobali, mali záchyt 0,3 alebo 0,35 percenta. Špecificita teda neprekvapila, ideálne by bolo, keby to bolo sto percent.

To však pri antigénových testoch asi nebude možné…

Práve naopak, mohlo by byť. V štúdii od profesora Drostena, kde porovnával sedem antigénových testov, mal Abbott dokázanú stopercentnú špecificitu. V štúdii sa pekne ukázalo, prečo kórejský test takúto špecificitu nemá.

Prečo?

Pretože dokáže detegovať parainfluenzu 3, čo je bežná nádcha, a títo ľudia môžu byť falošne pozitívni. Má falošnú pozitivitu okolo 0,4 percenta, čo na prvý pohľad nemusí byť veľa. Ale ak spočítame, koľko sa na Slovensku vykonalo testov, z toho vychádza, že 24-tisíc je falošne pozitívnych – a to číslo nie je malé. Riešením je, ako už odporučila aj Európska komisia, že pozitívne výsledky antigénových testov by mali byť ešte potvrdené PCR testami. Tak elegantne dostaneme z karantény ľudí, ktorí sa tam dostali pre falošnú pozitivitu antigénového testu.

Chrípka a superinfekcia

Pred pár dňami ste prišli s testom, ktorý vie zároveň detegovať koronavírus aj chrípku. Prečo?

Zámer, prečo rozlišovať chrípku a SARS-CoV-2, je hlavne v tom, že počas chrípkovej sezóny je tu možnosť, že Covid-19 splynie s chrípkou, čo často spomína profesor Vladimír Krčméry. Je tu aj možnosť, že jeden človek môže mať dva vírusy naraz. V takom prípade ide o superinfekciu. Ide o veľmi ťažký priebeh a je veľmi dobré týchto ľudí zachytiť.

Hrozí nám chrípková epidémia?

Informácie z Európskeho centra pre prevenciu a kontrolu chorôb hovoria, že v štyridsiatom štvrtom týždni tohto roka bolo zachytených iba niečo vyše 40 prípadov chrípky. V porovnaní s minulým rokom ide o 97-percentné zníženie. Na prvý pohľad to vyzerá skvele, ale na druhý pohľad to nie je až tak dobre.

Z akého dôvodu?

Ak by to bolo stopercentné, bolo by to skvelé. Fakt, že tu máme stále tri percentá hovorí, že chrípka sa môže šíriť. Z tých troch percent zrazu môže byť oveľa viac. To znamená, že je tu stále medzi nami a znižujeme ju práve tým, že nosíme rúška a dodržujeme ROR.

V týchto prípadoch je užitočný test, ktorý vie diferencovať chrípku a kovid. Možno vás chrípka nezaujíma v novembri a možno ani v decembri, ale vieme, že chrípková sezóna prichádza začiatkom roka. Ak sa začne zvyšovať incidencia, treba to začať brať vážne, pretože vtedy môže prichádzať práve k superinfekcii a týchto ľudí treba hospitalizovať oveľa skôr.

Je váš test jedinečný alebo je vo svete viacero výrobcov, ktorí robia niečo podobné?

V Európe je v súčasnosti registrovaných okolo sedem takýchto testov. To znamená, že konkurencia tu je. My patríme asi do prvej desiatky firiem, ktoré s týmto testom prišli. Škoda, že nie skôr, lebo sme na tom naozaj pracovali už od mája.

Dlho bol pripravený, ale validácia a certifikácia trvali dlhšie než obyčajne. Bál som sa, že nestihneme štart chrípkovej sezóny na jeseň, ale nakoniec sa ukazuje, že predsa len test prichádza na trh v správny čas.

Čítajte viac: https://www.trend.sk/spravy/pavol-cekan-ucime-ako-zabojovat-najtazsej-faze-ktora-este-len-pride

 

Autor: Ronald Ižip

Zdroj: trend.sk

Foto: fotolia.com